主要分为三部分。 （一）论医道。又分两种，一种是医道总论，如“坏药伤人论”“看病切要”；一种是各种医学理论，如“阴阳证论”“阴证似阳、阳证似阴论”“吐血咳嗽论”“虚阳外越论”“非风证论”“虫证论”。 （二）病案。亦有两种，一种是附在每节医论之后，如“经验阴证似阳案证”“阳证似阴案证”“经验虚阳外越案证”“经验非风证案”；一种是先论医理，后附病案，如“脾虚气弱之症”“经验录实论”“妇女杂证论”“治痘论”“诚菴经验辨证录”。 （三）绪论一类。手稿有两个绪论，即“诚菴纂要经验录序”和“经验录自叙”。其可能是作者不同时期对医学的不同感悟。 其中，“妇女杂证论”主要记载了癥瘕、崩带、孕妇诸病，亦斥妇科专用四物汤之不良习用。“治痘论”所载之痘者，无一例用清热、外透之法，可能所治皆已成变证，故治已不在痘，而在变证。“诚菴经验辨证录”记载了临床多种疾病的辨证思路和用药原则，大多有病案附于其后。其记载的病种比较多：咽喉肿痛，脾约，老年性便秘，崩带，痿躄，痛风，眩晕，伤寒病，如见鬼祟者，出丹，阳虚伤寒，带状疱疹，大头瘟，咳血，下血，阳明病，旅途劳伤，腹痛，阳证似阴，少阳证，郁证，见鬼怕鬼，耳聋，头晕遗尿，肺痿，阳强漏精，阳虚便秘，虚劳，阴极似阳证，蛔虫病，虱病。该篇最后对阴证似阳的辨证思路进行了总结。