《伤寒论》别本。北宋治平二年(1065)林亿等校完《伤寒论》后的第二年，又校讫《金匮玉函经》，林亿在其序中说:“《金匮玉函经》与《伤寒论》同体而别名。”钱超尘氏考证，此书并非王叔和所集，而是由南朝秘管仲景医方之医师所集；其时代上限，不早于《大智度论》译讫之年(东晋义熙二年，公元406)，下限不晚于隋文帝即位之年(开皇元年，公元581)。孙思邈撰《千金翼方》所披阅之本，主要是《金匮玉函经》，此书虽不见于隋唐公秘目录，但它作为手抄之本在唐代流传；治平三年校讫之后，由于方证分开不便临证检用，因而自南宋初流传日稀。本书对研究《伤寒论》具有重要意义。如《伤寒论》方后注常有“本云”两字，颇不可通；而《金匮玉函经》均作“本方”，正可解此疑团，其“云”字乃“方”字之讹。《金匮玉函经》八卷，在《伤寒论》校勘、训诂、版本流传、方证对比研究等方面，较之《千金要方》《千金翼方》《外台秘要》和《注解伤寒论》，更为直接与重要。本书全共8卷，29篇，共载方115首。本书现有清·陈士杰1716年刻本，1955～1956年人民卫生出版社影印陈士杰本等版本。