孙一奎(1522—1619)，字文垣，号东宿，别号生生子，安徽休宁人，生活于明代嘉靖、万历年间。据孙氏自述学医本末，谓于括苍遇一道士，授以秘方，并嘱其弃贾学医。归家后，试所得之方，辄效。又治好了其父孙学之疾，于是究《黄帝内经》《难经》，穷诘医理，专志于医，遂以医名世，并且一心向道，观其将所著之书命名《赤水玄珠》及自号生生子，即可知受道家影响之深。孙氏治学，反对“徒以方书为捷径”而重视理论研究，以轩岐之书为医家之昆仑，仲景以下历代各家医著为昆仑所达之支脉，这样溯源穷流，融会贯通，打下坚实基础，才是学有根本之道。不仅如此，他认为还应当访道求知，不以丘里自隘。于是读万卷书，行万里路，自新都游彭蠡，历卢、浮、沅、湘而至三吴，凡有所长，即往请益，得遇明达，尤为折服。经过这样数十年的博学勤访，医学猛进，为人治病决死生多验，终于成为明清时期著名医学家。他这种既重理论又重实践，博采众长的治学方法，尤其值得我们借鉴。孙氏在医学理论方面有自己独特创见，力倡命门学说和三焦相火学说，属温补学派的中坚人物。他认为，“命门乃两肾中间之动气”，属“坎中之阳”，为生命的本始，生生不息之根，而三焦是“外有经而内无形”，一反《脉诀》命门配三焦相火之说，主张“命门不得为相火，三焦不与命门相配”，“三焦、包络为相火”。这是因为包络为血母，为里;三焦为气父，为表，二者相为表里。其相配又与脏腑之相配不同，只是由于二者俱属手经，均为相火，而“以类相从”而已。尽管三焦不与命门相配，但命门却是“三焦之原”，而三焦相火始于原气，所以三焦为原气之别使。孙氏的这些重要的医学理论和学术思想，往往是借助道经来加以阐释和论证的。譬如他的命门为肾间动气说，显系从《难经》“命门者，诸神精之所舍，原气之所系”一语悟出，而又与《难经》左肾右命门之说不同，更不同于左右水火之分。于是他说:“肾间原气，人之生命，故不可不重也。”《黄庭经》云:“肾气经于上焦，营于中焦，卫于下焦。”《中和集》曰:“阖辟呼吸，即牝牡之门，天地之根。所谓阖辟者，非口鼻呼吸，乃真息也。”在他看来，阴精阳气，妙合而凝，男女未判，先生两肾，两肾之间，是为命门，内含一点真气，而为生生不息之机，这就是动气，又叫原气，唯其动而不已，才能生化无穷，为生命之根源。至于两肾原本为“静物”，静则能化，化生阴精，动者气，静者阴，“动静无间，阳变阴合”而化生五行万物形类，这就是“命门之谓”。值得注意的是，阐释命门时他引用《黄庭经》《中和集》;力主“两肾皆属少阴水”，力驳右肾属相火之非，又引“《黄庭经》两部肾水对生门”加以论定。毕竟《难经》左肾右命之说与他的主张有异，为了曲说比附，强经就我，他再次引用道书“《黄帝阴符经》右肾内有真精，主五行之正气”来证明“越人不以原气言命门，而曰右者为命门”，这是因为“左血右气”“言右肾则原气在其中矣”。这样就轻而易举地偷换了概念，右命之说就成了原气命门说，进而为动气命门说的张本。不仅如此，他还在《右肾水火辩》中直接说道家语。他说:“人皆谓右肾属相火……观先天图，乾南坤北，后天图，离南坎北。五行火高水下，故仙家取坎补离，以水升火降，既济为道。谓采坎中之一阳，填离中之一阴，此还乾坤本源之意也。”接着说明阳并非火之代词，“坎中之阳，即两肾中间动气，五脏六腑之本，十二经脉之根，谓之阳则可，谓之火则不可”，同时“二阴即二肾也，肾既皆阴，则作一水一火并看者亦非矣!坎中之阳，尚不可以火目之，而右肾又何可以属火哉!”(《医旨绪余·卷上》)由此可见，孙氏的医学思想直接与道学相关已了无疑义。正因为孙氏之学出自道门，所以在他的名著《赤水玄珠》中保存了“方外还丹”，其中“秋石”炼法已比宋代道书更为进步，分阴炼法、阳炼法及秋石冰片法，除取材童男童女尿液外，还适当加入药材，炼成的秋石可以止咳化痰，可以滋阴降火，更可以用作滋补强壮剂。现代科学实验证实，“秋石”是一种具有类固醇性激素制剂。仅此一项，已不能不佩服孙氏作为道医学者所做出的伟大贡献。孙氏著述甚丰，有《赤水玄珠》《医旨绪余》《痘疹心印》及《孙氏医案》等传世。《四库全书提要》说:“大旨发明太极阴阳五行之理备于心身;分别脏腑形质，手足经上下，宗气、卫气、营气、三焦包络、命门相火及各经络配合之义;又引《黄庭经》以证丹溪相火属右肾之非，引《脉诀刊误》以驳《三因方》三焦有形为脂膜之谬;分噎膈、翻胃为二证，辨癫、狂、痫之异治。皆卓然有特色”。此乃公允之论。